数字缺失或重复，这个的看源码，你看看 content 这个对象的 load 方法的最后一个 for 循环：
for (var i = 0; i < e.length; i++) {
if (e[i] < 5) {
this.childNode[e[i]] = r(this.box.childNodes[i + this.star]);
j++
} else {
this.childNode[e[i] - j] = r(this.box.childNodes[i + this.star])
}
};
简化一下就是（感觉上是某个 hash 算法的逆过程）：
for (var i = 0; i < e.length; i++) {
if (e[i] < 5) {
//序号不变，就是 e[i];
j++;//j 的初值为 0 ；
} else {
//序号为 e[i]-j
}
};

所以最终的顺序可以这么求（以下代码均可在 console 里执行，当然得打开网址： http://www.99csw.com/book/3906/134399.htm ）：

var e = base64.decode(document.getElementsByTagName('meta')[4].getAttribute('content')).split(/[A-Z]+%/);

var c=[], a=e.map(Number);

for(i=0;i<a.length;i++){if(a[i]<5){c.push(a[i]);j++;}else{c.push(a[i]-j);}}

最后结果是：
[17, 37, 33, 42, 29, 6, 27, 41, 39, 15, 22, 31, 25, 40, 12, 16, 5, 43, 7, 0, 26, 14, 21, 13, 24, 44, 36, 19, 18, 30, 8, 35, 20, 10, 3, 4, 28, 38, 23, 2, 1, 34, 32, 9, 11]
排一下续：
c.sort(function(a,b){return a-b;})
结果为：
[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44]

支持楼主

有点意思，我就深入进去了，最后找到了恢复段落顺序的办法，下面列出关键步骤：
1. Chrome 查看源码，地址栏输入： view-source:http://www.99csw.com/book/3906/134399.htm
2. 从网页源码中找到__第 5 个 meta 标签__，具体内容为：
```html
<meta name="client" content="MTdFJTM3UyUzM0klNDJSJTI5TiU2SCUyN08lNDFBJTM5VSUxNUElMjJEJTMxVCUyNU8lNDBVJTEyTSUxNkwlNVUlNDNMJTdZJTBDJTI3WSUxNUglMjJTJTE0VCUyNUwlNDVHJTM3SiUyMFklMTlFJTMxVSU5USUzNkklMjFJJTExWSUzQSU0WiUzMUklNDFYJTI2ViUyVCUxUCUzOUUlMzdUJTE0UiUxNg==" />
```
这个 meta 标签的 content 值是经过 base64.encode 处理过的段落顺序。
3. 下载包含恢复顺序逻辑的 js 脚本文件（文件名为 99csw.js ）： http://www.99csw.com/command/99csw.js
4. 将 99csw.js 的内容复制到 http://jsbeautifier.org/
5. 在 jsbeautifier 处理后的内容中找到 @imt 列出的 content 的内容，以及 content 前面的 base64 对象部分的内容。
6. 只需看 content 对象的 load 函数的第一句话： var e = base64.decode(document.getElementsByTagName('meta')[4].getAttribute('content')).split(/[A-Z]+%/);
这就是恢复段落顺序最关键的一步。
7. 在 Chrome 浏览器中打开网页： http://www.99csw.com/book/3906/134399.htm
8. 按 F12 ，打开开发者工具，点击“控制台”或“ Console ”，输入： base64.decode(document.getElementsByTagName('meta')[4].getAttribute('content')).split(/[A-Z]+%/)
你将会看到段落顺序数组。

推荐一个网站， http://jsbeautifier.org/
楼主可以试试把那些看不懂的 js 文件内容复制到里面，会有神奇的结果等着你。